在知识经济时代，企业之间的竞争就是知识产权的竞争，因此知识产权交易在企业并购的运作中起着非常重要的作用。在并购中，作为无形资产的知识产权主要有两种处置方式。一种是作为投资，投资者投资于商标、专利或专有技术，以兼并、收购或控制目标企业。第二种是转让出售，即以中国企业为标的企业被收购合并时，其自有商标、专利、专有技术连同其他财产一并转让给合并方。

在并购过程中，被收购方应重视自身的知识产权，珍惜长期经营过程中形成的知识产权，充分发挥无形资产的优势，实现并购后知识产权的长期增值和维护。但是，为了扩大生产规模，国内企业以技术投资作为吸引外资的条件，但没有对该项技术申请专利保护，在并购过程中也没有作为专有技术申请强有力的保护，以及在实际经营中，使这部分无形资产白白流失。有鉴于此，被收购方应科学评估其知识产权，计算知识产权收益，并合理反映在企业财务状况中，这是知识产权有序进入市场交易的基础。我们应该尽力保留知识产权的所有权。例如，在并购中，只有商标使用权被转让。这样，即使外方控制下的企业在合并后不使用中国商标，中方仍可以继续使用原商标，而不会因长期不使用而导致商标淡出市场。为争取新知识产权的权利，并购后产生的新技术、新商标是在原有知识产权基础上不断产生的新知识产权。国内企业应该争取这些知识产权的权利。

作为并购方，在并购意向确定后，应委托专业中介机构对目标企业进行调查。知识产权尽职调查首先要看目标企业拥有的知识产权，而不仅仅是列出企业的专利、商标、著作权等知识产权，并对照各类权利证书核对会计师事务所的价值评估报告，以发明专利为例，尽职调查不仅取决于企业是否拥有发明专利，还取决于企业是否按时缴纳专利年费。有时，他们还研究发明专利的保护范围。对于重要专利，应评估其无效的可能性。仅仅因为专利权利要求书写得不好，收购企业放弃并不鲜见。不完整的权利要求将缩小专利保护的范围，使竞争对手更容易绕过专利。在欧美**，许多企业每年或不时聘请第三方机构对其知识产权进行审计。在接受知识产权尽职调查前，如果被收购企业能够进行知识产权审计，企业可以及时发现存在的问题，并采取必要措施予以解决，避免企业价值被低估或并购项目过早夭折。